무로마치 시대에 원형으로 있는 구마모토 성(隈本城)이 축성되었다.
현재 구마모토 성은 도요토미 정권하에 히고로 전봉된 가토 기요마사(加藤 清正)가 축성한 것이라고 전해지고 있다.
에도 시대는 구마모토 번의 번청으로 있고 번주의 거처였다. 넓이 약 98만 평방미터. 석축의 휨이 특징이어서『무샤가에시(武者返し)』라고 불린다. 이런 성벽을 가졌기때문에 난공불락의 성이라고 일커러지고 있다. 오사카 성, 나고야 성과 함께 일본 3대 명성이다.
메이지 유신후 구마모토 진다이[1]가 있었다. 이 때문에 세이난 전쟁(西南戦争)에서는 정부군의 중요 거점으로 있는 동시에 사이고군의 중요 공략목표였다. 다바루자카 전투를 포함해 격렬한 공방전이 일어났지만, 구마모토 성에 있었던 관군은 다니 다테키 지휘하에 사이고군의 공격을 잘 견뎌내고, 마침내 이를 격퇴시킨다. 여전히, 이 전투에서 무샤가에시가 큰 역할을 했고, 구마모토 성을 얕잡아 본 사이고군는 누굴막론하고 천수각 안으로 들어갈수 없었다.
사이고군의 총 공격 2일전 1877년 2월 19일 오전 11시 40분부터 오후 3시까지 원인불명의 화재로 천수가 소실되었지만, 우토 망루를 비롯 겐모쓰 망루, 히라 망루, 고켄 망루, 기타주하치켄 망루, 히가시주하치켄 망루, 겐노신 망루, 욘켄 망루, 시치켄 망루, 주욘켄 망루, 다코 망루의 각 망루, 긴 담(전장 약 242m), 아카즈노 문이 현존해 있고, 각각 국가 중요문화재로 지정되어있다. 또, 1960년 대천수와 소천수를 재건했다.
2007년 기요마사가 구마모토 성을 축성한지 400년이 되는 해로 현재 복원사업이 진행중에 있다.
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